Markmið Álftamýri er að hver einstaklingur fái að njóta sín og þroskast í umhverfi sem honum líður vel í. Það er hlutverk Álftamýrar að einstaklingurinn fái tækifæri til að skilja við amstur dagsins, upplifi sig öryggan og fái tækifæri til að vera í ró og næði eftir skóla. Lögð er áhersla á að þroska félagslega færni í samskiptum barna með því að láta börnin glíma við vandamál sem upp koma þeirra á milli undir leiðsögn starfsmanna. Einnig er lögð áhersla að sýna náunga virðingu sem og umhverfinu. Álftamýri á Álftanesi leitast við að nota lýðræðislega starfshætti þegar það er hægt, efla hæfni barnanna til að móta sér sjálfstæðar skoðanir. 

Það er fylgst vel með börnunum, 1. bekkur er sóttur í lok skóladags og merkt við þau, en hinir árgangar koma sjálfir og tilkynna mætingu hjá starfsfólki. Ef barn skilar sér ekki er hringt í foreldra. Það er hlutverk foreldra að láta starfsmenn Álftamýri vita ef barnið þeirra vill leika með einhverjum eftir skóla.

Í Álftamýri er notuð valtafla þar sem börnin velja með sjónrænu vali hvaða verkefni þau vilja á hverjum tíma. Reynt er að bjóða upp á fjölbreytt val, en vinsælustu hlutirnir eru þó oftar í boði. Boðið er upp á að fara í íþróttahúsið tvisvar í viku, ásamt því að reynt er að bjóða upp á útiveru alltaf þegar veður leyfir.
Í 3. og 4. bekk er í boði að fara í félagsmiðstöðina einu sinni í viku ásamt því að bókasafn er í boði þrisvar sinnum í viku og matreiðsla einu sinni.

Síðdegis er boðið upp á síðdegishressingu.
Aðstaða Álftamýri er í húsnæðinu við battavöllinn.